Centos 6.3 64 bit

I just noticed my external disk for Centos was in 32 bit, and maybe we are safe to use 64.

Installed a fresh Centos 6.3 and then tried to make a journal to summarize the updates/hassles. IN the process, I generated 5 files of text output from the terminal, which I catted together. I see now that's too huge, but for records, it is uploaded to https://pj.freefaculty.org/scraps/install-eshell-all.txt

Still I wonder. No attachments allowed with blog posts?Â I can't figure that out!Â Aha! treat it as media!Â install-eshell-all

I installed everything needed to develop rpm packages, and as I went, I was uploading results to

https://pj.freefaculty.org/EL/6/x86_64.

I dumped the SRPMS and the RPMS that same folder. Eventually, I will cycle back and sort it out, maybe build an RPM repository.

1) configure .rpmmacros in pauljohn32, create LinuxDownloads/redhat

%_topdir /home/pauljohn32/LinuxDownloads/redhat

%_unpackaged_files_terminate_buildÂ Â Â Â Â 0

%_missing_doc_files_terminate_buildÂ Â Â Â 0

2) Tried to build emacs 24, found missing packages. See file "install-shell.txt" for install of many packages and the EPEL repository.

installed emacs 24.2, and uploaded to https://pj.freefaculty.org/EL/6/x86_64

3) The system updater asked to update a lot of packages. OK!

4) Edit sshd to make X11forwarding ON by default

5) yum installs:

yum install xfig transfig xfig2ps blt tcl-devel tk-devel inkscape lyx texmacs

yum -y install R-devel
yum -y install R

yum -y install R-car R-lmtest R-multcomp R-mvtnorm R-systemfit R-zoo

yum -y install filezilla

yum -y install yumex

8). Put "pauljohn32" in the wheel group, edit /etc/sudoers to enable wheel
group

7). Ach. Lyx is version 1.6.Â Build 2.0.3 and install.

build/install tex-simplecv first.

build requires;

fontpackages-devel is needed by lyx-2.0.3-1.el6.x86_64
enchant-devel is needed by lyx-2.0.3-1.el6.x86_64
hunspell-devel is needed by lyx-2.0.3-1.el6.x86_64
qt4-devel is needed by lyx-2.0.3-1.el6.x86_64

Finally, built LyX-2.0.3 RPM, uploaded that.

8) Can't find ESS package for EL6. WTF??

Build emacs-ess, install, test, upload

9) install my init.el on system.

10) swarm

install hdf5-devel, gcc, gcc-objc, gperf

11) openbugs: cant compile because of this error:

make[1]: Entering directory
`/home/pauljohn32/LinuxDownloads/redhat/BUILD/OpenBUGS-3.2.2/src'
gcc -o OpenBUGSCli OpenBUGSCli.c -L ../lib -Wl,-rpath,\$ORIGIN/../lib -m32
-lOpenBUGS
/usr/bin/ld: skipping incompatible
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/libgcc_s.so when searching for -lgcc_s
/usr/bin/ld: skipping incompatible
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.4.6/libgcc_s.so when searching for -lgcc_s
/usr/bin/ld: cannot find -lgcc_s
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [OpenBUGSCli] Error 1
make[1]: Leaving directory
`/home/pauljohn32/LinuxDownloads/redhat/BUILD/OpenBUGS-3.2.2/src'
make: *** [all-recursive] Error 1
error: Bad exit status from /var/tmp/rpm-tmp.mELKHJ (%prep)
uild & upload

TRY:
$ sudo yum install libgcc-4.4.6-4.el6.i686

$ rpmbuild -ba openbugs-3.2.2.spec

$ sudo rpm -ivh openbugs-3.2.2-2.x86_64.rpm

##################################

12: To image disk to other devices, some changes were necessary for some laptops.

First, because I am frustrated with SELinux, turn that off. edit /etc/selinux/config and disable it. Restart.

Then use e2label to set the disk partitions with labeled "usbhome", "usbroot", "usbroot".Â This cannot be done with the swap partition, it is necessary to turn off the swap (swapoff -a), then run mkswap -L usbswap /dev/sda3, then turn swap back on.Â After that,Â the UUID notations from /boot/grub/grub.conf are replaced by LABEL statements.

Similar change is required in /etc/fstab

13. Realized JAGS (Just another Gibbs Sampler) could be compiled and run.Â Grabbed the SRPM from http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/CentOS_CentOS-6/src/

and rebuilt and uploaded it. Could have just used the RPM they provided, but decided to rebuild so that the build process would help me notice more development packages that need to be installed.

14. Check /usr/lib/R/etc/Renviron. Not improvements in setup, now there is a place to install packages without getting in the way of RPM installs. Lets use the first one here.

R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:/usr/local/lib/R/library:/usr/lib64/R/library:/usr/share/R/library'}

$ sudo mkdir -p /usr/local/lib/R/site-library

$ sudo R

> install.packages("rjags", lib="/usr/local/lib/R/site-library", dep=TRUE)

While I am at it, I might as well install more R packages.Â Get the script

https://pj.freefaculty.org/R/SystemAdmin/R-labSelectInstall-01.R

Make some updates. Will change name to version -02 and leave in /usr/local/bin. Will be executable Rscript.

Along the way to do that, I noticed /usr/local/bin was empty and did not show in the PATH.Â Will have to reboot to log out and log in to see if it notices the file there. Probably need to enter /etc/profile to fix it.

While testing, I ran R-labSelectInstall-02.R inside R, line by line, for testing.

Running just the first bit:

update.packages(ask=F, checkBuilt=T, dep=T)

launches a massive package rebuild that will probably expose more missing RPM devel packages. Continuing through the script R-labSelectInstall-02.R, these packages are installed in /usr/local/lib/R/site-library:

abindÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â gWidgetsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RArcInfo
actuarÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â gWidgetsRGtk2Â Â Â Â Â Â Â Â raster
adaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â gWidgetstcltkÂ Â Â Â Â Â Â Â rattle
ade4Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â hdf5Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rbenchmark
ade4TkGUIÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â hexbinÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rcmdr
adehabitatÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â HSAURÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rcpp
AGDÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â HyperbolicDistÂ Â Â Â Â Â Â RcppArmadillo
akimaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â igraphÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rcsdp
amapÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â igraph0Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R.devices
AmeliaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â igraphdataÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â relations
anchorsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ineqÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â relevent
aodÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â influence.MEÂ Â Â Â Â Â Â Â Â relimp
apeÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â inlineÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â reshape
aplpackÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â iplotsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â reshape2
arulesÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ipredÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rgenoud
arulesVizÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â isa2Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rglpk
bayesmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â IsoÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RGtk2
bayesmixÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ISwRÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rjags
bestglmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â iteratorsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rJava
betaregÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â itertoolsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RJSONIO
biclustÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â JavaGDÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rlecuyer
bitopsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â JGRÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rmeta
BMAÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â KendallÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R.methodsS3
brewÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â kernlabÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rms
BRugsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â labelingÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â ROCR
cairoDeviceÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â languageRÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R.oo
CarbonELÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â larsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rpanel
caToolsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lasso2Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rpart.plot
cbaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â latentnetÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â rrcov
CircStatsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â latticistÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R.rsp
clueÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lavaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RSQLite
clvÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lavaanÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RSvgDevice
cmprskÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lmecÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RSVGTipsDevice
cocorrespÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lmeSplinesÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Rsymphony
codaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lmmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RUnit
colorspaceÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â locfitÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R.utils
combinatÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â logsplineÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â SASmixed
corpcorÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lokernÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â scales
cslogisticÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â longitudinalÂ Â Â Â Â Â Â Â Â scapeMCMC
cubatureÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â longitudinalDataÂ Â Â Â Â scatterplot3d
DBIÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â longmemoÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â segmented
deldirÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â longRPartÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â SemiPar
descrÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â lpSolveÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â seriation
Devore5Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mapprojÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â setRNG
Devore6Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mapsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â sets
diagramÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â maptoolsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â sfsmisc
dichromatÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mcgibbsitÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â shape
digestÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mclustÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â shapefiles
diptestÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mcmcÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â shapes
DistributionUtilsÂ Â Â Â Â MCMCglmmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â SkewHyperbolic
dlmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MCMCpackÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â slam
doByÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MCPANÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â sm
dseÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mdaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â smoothSurv
e1071Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â memiscÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â sn
earthÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â memoiseÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â sna
EcdatÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MEMSSÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â snow
ecodistÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â miceÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â snowFT
effectsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â micEconÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â sp
ehaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â misc3dÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â spam
eiPackÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â miscToolsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â spatialCovariance
ElemStatLearnÂ Â Â Â Â Â Â Â Â mitoolsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â spatialkernel
ellipseÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mixÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â spatstat
ergmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mlbenchÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â spdep
ergm.usertermsÂ Â Â Â Â Â Â Â mnormtÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â splancs
evaluateÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â MNPÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â stabledist
farawayÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â msmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â StatDataML
fBasicsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â mstateÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â statmod
fdrtoolÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â munsellÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â statnet
ffmanovaÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â networkÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â stepwise
fieldsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â networkDynamicÂ Â Â Â Â Â Â stringr
fImportÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â normÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â subselect
flexclustÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â npÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â survBayes
flexmixÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â numDerivÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tcltk2
foreachÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â nwsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tclust
forecastÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â odfWeaveÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TeachingDemos
forwardÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â orthopolynomÂ Â Â Â Â Â Â Â Â tensorA
fpcÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â panÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â testthat
fracdiffÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â partyÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tfplot
gamÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â PBSmappingÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tframe
gamlssÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â pcaPPÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tkrplot
gamlss.dataÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â permuteÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tree
gamlss.distÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â pixmapÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â trimcluster
gamm4Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â playwithÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tripack
gclusÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â plotmoÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â trust
gdataÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â plotrixÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â TSP
geeÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â plyrÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â tweedie
geepackÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â pmmlÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â urca
GeneralizedHyperbolicÂ pngÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â UsingR
geoRÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â polsplineÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â VarianceGamma
geoRglmÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â polycorÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â vcd
ggplot2Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â polynomÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â vegan
glmmAKÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â prabclusÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â verification
glmmBUGSÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â primÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â VGAM
glmmMLÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â prodlimÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â VIM
gmodelsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â protoÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â waveslim
gofÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â proxyÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â WDI
googleVisÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â psclÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â weightedKmeans
GPArotationÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â psplineÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â wnominate
gpclibÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â psychÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â XLConnect
gplotsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â qgraphÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â XLConnectJars
gregmiscÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R2HTMLÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â XML
gridBaseÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â R2WinBUGSÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Zelig
gslÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RandomFieldsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â zipfR
gtableÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â randomSurvivalForest
gtoolsÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â RANN

And these ones failed to build, I'll check why later.ï»¿ The first set is obvious, they just need to be removed from my wish list, while the latter ones fail because required devel software is not installed. Since I'm not using those now, I'll probably ignore them.

1: packages â€˜Designâ€™, â€˜amerâ€™, â€˜DClusterâ€™, â€˜ZIGPâ€™, â€˜imputeâ€™ are not available (for R version 2.15.1)
2: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜Rmpiâ€™ had non-zero exit status
3: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜rsprngâ€™ had non-zero exit status
4: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜ncdfâ€™ had non-zero exit status
5: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜ncdf4â€™ had non-zero exit status
6: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜fftwâ€™ had non-zero exit status
7: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜RODBCâ€™ had non-zero exit status
8: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜rgdalâ€™ had non-zero exit status
9: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜rggobiâ€™ had non-zero exit status
10: In install.packages(desiredPackages[!alreadyHave], dependencies = c("Imports",Â :
installation of package â€˜rgeosâ€™ had non-zero exit status

I'm still having some trouble getting R-labSelectInstall-02.R to run from the command line using Rscript, I want to add it as a weekly cron job when it is fixed.

Installed ggobi and ggobi-devel so that rggobi does install

14. Tested yum groups, noticed I'd be getting some potentially useful packages

$ sudo yum groupinstallÂ "Desktop Platform Development"

Installing : libXp-1.0.0-15.1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 1/11
Installing : libXp-devel-1.0.0-15.1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 2/11
Installing : openmotif-2.3.3-4.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 3/11
Installing : mesa-libGLw-6.5.1-10.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 4/11
Installing : libmng-devel-1.0.10-4.1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 5/11
Installing : libXmu-devel-1.0.5-1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 6/11
Installing : openmotif-devel-2.3.3-4.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 7/11
Installing : mesa-libGLw-devel-6.5.1-10.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 8/11
Installing : qt3-devel-3.3.8b-30.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 9/11
Installing : libXtst-devel-1.0.99.2-3.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 10/11
Installing : xorg-x11-docs-1.3-6.1.el6.noarchÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 11/11
VerifyingÂ : libXmu-devel-1.0.5-1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 1/11
VerifyingÂ : libXp-devel-1.0.0-15.1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 2/11
VerifyingÂ : xorg-x11-docs-1.3-6.1.el6.noarchÂ Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 3/11
VerifyingÂ : openmotif-devel-2.3.3-4.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 4/11
VerifyingÂ : openmotif-2.3.3-4.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 5/11
VerifyingÂ : libmng-devel-1.0.10-4.1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 6/11
VerifyingÂ : mesa-libGLw-6.5.1-10.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 7/11
VerifyingÂ : mesa-libGLw-devel-6.5.1-10.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 8/11
VerifyingÂ : libXp-1.0.0-15.1.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 9/11
VerifyingÂ : libXtst-devel-1.0.99.2-3.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 10/11
VerifyingÂ : qt3-devel-3.3.8b-30.el6.x86_64Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â 11/11

Installed:
libXtst-devel.x86_64 0:1.0.99.2-3.el6 mesa-libGLw-devel.x86_64 0:6.5.1-10.el6
qt3-devel.x86_64 0:3.3.8b-30.el6Â Â Â Â Â xorg-x11-docs.noarch 0:1.3-6.1.el6

Dependency Installed:
libXmu-devel.x86_64 0:1.0.5-1.el6Â Â Â Â Â libXp.x86_64 0:1.0.0-15.1.el6
libXp-devel.x86_64 0:1.0.0-15.1.el6Â Â Â libmng-devel.x86_64 0:1.0.10-4.1.el6
mesa-libGLw.x86_64 0:6.5.1-10.el6Â Â Â Â Â openmotif.x86_64 0:2.3.3-4.el6
openmotif-devel.x86_64 0:2.3.3-4.el6

15. yum install sshfs ntfs-3g ntfsprogs

Put user in fuse group. Wish that were for all users to make it automatic!

Install flashplayer RPM from adobe.com

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