### R code from vignette source 'summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:41-42 ################################################### if(exists(".orig.enc")) options(encoding = .orig.enc) ################################################### ### code chunk number 2: tmpout ################################################### tdir <- "tmpout" if(!dir.exists(tdir)) dir.create(tdir, showWarnings=FALSE) ################################################### ### code chunk number 3: Roptions ################################################### opts.orig <- options() options(width=100, prompt="> ") options(useFancyQuotes = FALSE) set.seed(12345) par.orig <- par(no.readonly = TRUE) pjmar <- c(4.1, 4.1, 1.5, 2.1) options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=pjmar, ps=12, xpd=F))) pdf.options(onefile=F,family="Times",pointsize=12) if(!file.exists("theme")) file.symlink("../../../../template/theme", "theme") ################################################### ### code chunk number 4: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:321-322 (eval = FALSE) ################################################### ## getwd() ################################################### ### code chunk number 5: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:325-327 ################################################### options.orig <- options() options(width=60) ################################################### ### code chunk number 6: setddir ################################################### ddir <- "data" ################################################### ### code chunk number 7: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:339-340 (eval = FALSE) ################################################### ## ddir <- "../data" ################################################### ### code chunk number 8: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:343-344 (eval = FALSE) ################################################### ## list.files(ddir) ################################################### ### code chunk number 9: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:347-348 ################################################### options(options.orig) ################################################### ### code chunk number 10: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:359-360 ################################################### swiss <- readRDS( file.path(ddir, "swiss.rds") ) ################################################### ### code chunk number 11: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:363-365 ################################################### options.orig <- options() options(width=60) ################################################### ### code chunk number 12: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:369-370 ################################################### head(swiss) ################################################### ### code chunk number 13: 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################################################### X[ , 3] ################################################### ### code chunk number 19: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:584-585 ################################################### swiss[3, ] ################################################### ### code chunk number 20: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:591-592 ################################################### X[1:5 , "Oak"] ################################################### ### code chunk number 21: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:597-598 ################################################### X[1:5 , c("Den", "SD")] ################################################### ### code chunk number 22: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:609-610 ################################################### X <- matrix(rnorm(12), ncol = 4) ################################################### ### code chunk number 23: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:614-615 ################################################### X <- matrix(sample(letters, 12, replace=TRUE), ncol = 4) ################################################### ### code chunk number 24: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:619-620 ################################################### X <- matrix(sample(c(TRUE,FALSE), 12, replace=TRUE), ncol = 4) ################################################### ### code chunk number 25: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:646-648 (eval = FALSE) ################################################### ## X[ , "column_name_here"] ## DF[ , "column_name_here"] ################################################### ### code chunk number 26: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:668-669 ################################################### is.data.frame(swiss) ################################################### ### code chunk number 27: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:674-675 ################################################### print(swiss) ################################################### ### code chunk number 28: swiss60 (eval = FALSE) ################################################### ## head(swiss) ################################################### ### code chunk number 29: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:720-721 ################################################### head(swiss) ################################################### ### code chunk number 30: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:730-731 ################################################### str(swiss) ################################################### ### code chunk number 31: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:742-744 ################################################### swiss$Edgt10 <- ifelse(swiss$Education > 10, TRUE, FALSE) str(swiss) ################################################### ### code chunk number 32: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:749-750 (eval = FALSE) ################################################### ## View(swiss) ################################################### ### code chunk number 33: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:757-758 ################################################### summary(swiss) ################################################### ### code chunk number 34: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:762-765 (eval = FALSE) ################################################### ## rownames(swiss) ## colnames (swiss) ## attributes(swiss) ################################################### ### code chunk number 35: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:775-782 ################################################### # The $ accessor f1 <- swiss$Fertility # matrix style, choose column 1 f2 <- swiss[ , 1] # By column name (my favorite) f3 <- swiss[ , "Fertility"] all.equal(f1, f2, f3) ################################################### ### code chunk number 36: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:791-797 ################################################### # matrix style, cols 1, 3, 5 f2 <- swiss[ , c(1, 3, 5)] # By column name (my favorite) f3 <- swiss[ , c("Fertility", "Examination", "Catholic")] all.equal(f2, f3) head(f2) ################################################### ### code chunk number 37: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:815-816 ################################################### head(ore1, 8) ################################################### ### code chunk number 38: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:820-821 ################################################### str(ore1) ################################################### ### code chunk number 39: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:832-834 (eval = FALSE) ################################################### ## ore1 <- read.table("data/oregon.csv", sep = ",", ## header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE) ################################################### ### code chunk number 40: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:861-862 ################################################### summary(ore1) ################################################### ### code chunk number 41: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:868-870 ################################################### library(rockchalk) summarize(ore1) ################################################### ### code chunk number 42: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:930-931 (eval = FALSE) ################################################### ## mydata <- read.table("../data/filename.csv", header = TRUE, sep = ",", stringsAsFactors = FALSE) ################################################### ### code chunk number 43: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:994-998 ################################################### set.seed(234) fd <- data.frame(v3 = rnorm(5), v4 = rnorm(5), v5 = LETTERS[1:5], stringsAsFactors = FALSE) ################################################### ### code chunk number 44: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1005-1006 ################################################### head(fd) ################################################### ### code chunk number 45: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1011-1016 ################################################### fd[ , "v4"] fd$v4 fd[ , 2] fd[ , c(FALSE, TRUE, FALSE)] ################################################### ### code chunk number 46: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1030-1031 ################################################### fd[ , 2] ################################################### ### code chunk number 47: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1036-1037 ################################################### fd[ , "v4"] ################################################### ### code chunk number 48: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1049-1050 ################################################### fd["1", "v4"] ################################################### ### code chunk number 49: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1056-1057 ################################################### rownames(fd) ################################################### ### code chunk number 50: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1062-1063 ################################################### rownames(fd) <- c("Bill", "Joe", "Frosty", "Mickey", "Henry") ################################################### ### code chunk number 51: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1068-1070 ################################################### fd[1, ] # position 1 fd["Bill", ] # rowname "Bill" ################################################### ### code chunk number 52: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1083-1086 ################################################### fd13 <- fd[ , c("v3", "v5")] str(fd13) head(fd13) ################################################### ### code chunk number 53: gotcha10 ################################################### z <- fd[ , "v4"] str(z) ################################################### ### code chunk number 54: gotcha20 ################################################### w1 <- fd[ , "v4", drop = FALSE] w1 str(w1) ################################################### ### code chunk number 55: gotcha10 ################################################### w2 <- fd["v4"] w2 str(w2) ################################################### ### code chunk number 56: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1138-1139 ################################################### fd13$v3 <- NULL ################################################### ### code chunk number 57: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1146-1148 ################################################### fdnew <- fd[ , -c(2)] head(fdnew) ################################################### ### code chunk number 58: hist1 ################################################### hist(ore1$tann, prob = TRUE) ################################################### ### code chunk number 59: hist2a ################################################### hist(ore1$tann, prob = TRUE, xlab = "Annual Temperatures in Oregon", ylab = "Density of Observed Temperatures", main = "Oregon: Where Good Professors Hope to Retire", ylim = c(0, 0.30)) ################################################### ### code chunk number 60: sc10 ################################################### pairs(ore1[ , -1]) ################################################### ### code chunk number 61: ex10 ################################################### library(openxlsx) fn <- file.path(ddir, "gradebook.xlsx") grades <- read.xlsx(fn, colNames = TRUE, check.names = TRUE) head(grades) ################################################### ### code chunk number 62: ex20 ################################################### library(openxlsx) fn <- file.path(ddir, "gradebook.xlsx") grades <- read.xlsx(fn, colNames = TRUE, check.names = TRUE) head(grades) ################################################### ### code chunk number 63: ex30 ################################################### str(grades) ################################################### ### code chunk number 64: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1324-1327 (eval = FALSE) ################################################### ## library(foreign) ## ## as always, review ## help(package = "foreign") ################################################### ### code chunk number 65: toe1 ################################################### library(foreign) toe1f <- read.dta("data/toenail.dta") ################################################### ### code chunk number 66: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1359-1361 ################################################### fn <- file.path(ddir, "toenail.dta") toe1n <- read.dta(fn, convert.factors = FALSE) ################################################### ### code chunk number 67: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1370-1371 ################################################### table(toe1f$treatment, toe1n$treatment, exclude = NULL, dnn = list("factor", "numeric")) ################################################### ### code chunk number 68: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1397-1399 (eval = FALSE) ################################################### ## dat <- read.spss("whatever.sav") ## dat <- as.data.frame(dat) ################################################### ### code chunk number 69: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1403-1404 (eval = FALSE) ################################################### ## dat <- read.spss("whatever.sav", to.data.frame = TRUE) ################################################### ### code chunk number 70: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1514-1516 (eval = FALSE) ################################################### ## library(kutils) ## keyw <- keyTemplate(grades, file = "key-wide.csv") ################################################### ### code chunk number 71: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1519-1520 ################################################### keyw <- read.csv("key-wide.csv", stringsAsFactors=FALSE) ################################################### ### code chunk number 72: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1542-1545 ################################################### library(xtable) xt1 <- xtable(keyw) print(xt1, include.rownames=FALSE, size = "\\tiny") ################################################### ### code chunk number 73: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1568-1570 (eval = FALSE) ################################################### ## library(kutils) ## keyl <- keyTemplate(grades, long=TRUE, file = "key-long.csv") ################################################### ### code chunk number 74: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1573-1574 ################################################### keyl <- read.csv("key-long.csv", stringsAsFactors=FALSE) ################################################### ### code chunk number 75: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1578-1581 ################################################### xt2 <- xtable(keyl) print(xt2, include.rownames=FALSE, size = "\\footnotesize", tabular.environment="longtable") ################################################### ### code chunk number 76: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1611-1615 ################################################### V1 <- seq(1, 10, by = 0.01) V2 <- c(3) V3 <- c(1, 2, 3, 4, 5) head(fd) ################################################### ### code chunk number 77: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1619-1621 ################################################### options.orig <- options() options(width=60) ################################################### ### code chunk number 78: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1626-1627 ################################################### ls() ################################################### ### code chunk number 79: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1630-1631 ################################################### options(options.orig) ################################################### ### code chunk number 80: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1638-1639 (eval = FALSE) ################################################### ## rm(V1) ################################################### ### code chunk number 81: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1643-1644 (eval = FALSE) ################################################### ## rm(list = c("V1", "V2")) ################################################### ### code chunk number 82: summeR-2-2-import-uniquebackupstring.Rnw:1651-1652 (eval = FALSE) ################################################### ## rm(list = ls()) ################################################### ### code chunk number 83: sess10 ################################################### sessionInfo() ################################################### ### code chunk number 84: opts20 ################################################### ## Don't delete this. It puts the interactive session options ## back the way they were. If this is compiled within a session ## it is vital to do this. options(opts.orig) options(par.orig)