### R code from vignette source '/home/pauljohn/tmp/lyxtmp/lyx_tmpdir.T10208/lyx_tmpbuf2/LogitProbit-1-guide.Rnw' ### Encoding: UTF-8 ################################################### ### code chunk number 1: LogitProbit-1-guide.Rnw:26-27 ################################################### if(exists(".orig.enc")) options(encoding = .orig.enc) ################################################### ### code chunk number 2: LogitProbit-1-guide.Rnw:68-70 ################################################### options(width=60) system("mkdir plots") ################################################### ### code chunk number 3: LogitProbit-1-guide.Rnw:74-75 ################################################### options(continue=" ") ################################################### ### code chunk number 4: LogitProbit-1-guide.Rnw:154-158 ################################################### set.seed(44444) x <- 25:75 p= 1/(1+exp(2-0.05*x)) y <- rbinom(length(x), size=1, prob=p) ################################################### ### code chunk number 5: a (eval = FALSE) ################################################### ## plot(x,y,ylim=c(-.2,1.2),xlab="Normally distributed input", ylab="dichotomous output", type="n") ## points(x,y,pch=16,cex=0.5) ################################################### ### code chunk number 6: LogitProbit-1-guide.Rnw:170-171 ################################################### plot(x,y,ylim=c(-.2,1.2),xlab="Normally distributed input", ylab="dichotomous output", type="n") points(x,y,pch=16,cex=0.5) ################################################### ### code chunk number 7: LogitProbit-1-guide.Rnw:192-195 ################################################### mod <- lm(y~x) plot(x,y) abline(mod) ################################################### ### code chunk number 8: LogitProbit-1-guide.Rnw:211-215 ################################################### x <- seq(0,150,length=200) expbx <- exp((-1)*(-10+.145*x)) ProbY1 <- 1/(1+expbx) for (i in 1:200){y[i] <- rbinom(1,1, ProbY1[i]) } ################################################### ### code chunk number 9: LogitProbit-1-guide.Rnw:218-219 ################################################### modl2 <- lm(y~x) ################################################### ### code chunk number 10: LogitProbit-1-guide.Rnw:227-231 ################################################### plot(x, y, ylim=c(-0.3,1.5),type="n"); points(x,y,cex=0.5) abline(modl2); lines(c(0,150),c(0,0),lty=c(2)); lines(c(0,150),c(1,1),lty=c(2)); ################################################### ### code chunk number 11: LogitProbit-1-guide.Rnw:322-326 ################################################### X2 <- seq(0,150,length=200) expbx <- exp((-1)*(-10+.115*X2)) ProbY1 <- 1/(1+expbx) plot(X2,ProbY1,type="l",xlab='X',ylab='Probability(y=1)') ################################################### ### code chunk number 12: landn ################################################### x <- seq(-6,6, by=0.05) mylogis111 <- dlogis(x, location = 0, scale = 1, log = FALSE) myNorm <- dnorm(x, mean = 0, sd = pi/sqrt(3)) matplot(x, cbind(mylogis111, myNorm),type="l",ylim=c(0,0.5), xlab="x", ylab="P(x)", main="") normlabel = expression(paste("Normal(",0,",",pi^{2}/3,")")) legend("topleft", c("Logistic(0,1)",normlabel), lty=1:2, col=1:2)